Michael Blazary, Hillel Slovak és Jack Irons középiskolai osztálytársak voltak. Közös zenei ambícióik hatására megalakították az Anthym nevű bandát. Anthony Kiedis, aki a srácokkal együtt szintén a Fairfax Highschool-ba járt gyakran saját verseinek felolvasásával nyitotta meg a koncertet. A négy srác hamarosan jó barátságba került.
Együtt először a Rhythm Lounge Club-ban léptek fel egyik barátjuk kérésére. Egy héttel a fellépés előtt nem volt kész anyaguk, csupán Michael hozott össze valami kevéske anyagot. A koncerten a srácok Tony Flow and the Miraculously Majestic of Mayhem névvel léptek fel. A rendhagyó koncert híre eljutott egészen az EMI lemezkiadóig, ahol a srácok egy nyolc albumra szóló szerződést írtak alá.
A banda nevét Red Hot Chili Peppers-re változtatták. A legnagyobb vihart kavaró első fellépésük egyike a Kit Kat Club-ban volt, ahol Jimi Hendrix Fire című számát zoknival a péniszükön énekelték el. A koncert híre futótűzként terjedt.
Mivel Hillel és Jack korábban a What’s This nevű zenekarral dolgoztak ők úgy döntöttek, hogy a Red Hot Cilli Peppers helyett a What’s This-nél maradnak. A két srác helyett Jack Sherman (gitár) és Cliff Martinez csatlakozott a csapathoz. Az 1984-es debütáló album – produceri teendőinek ellátására Andy Gill-t kérték fel, mivel a srácok a The Gang of Four-hoz hasonló hangzást szerettek volna. Az album megjelent, de nem voltak megelégedve Gill munkájával, úgyhogy nem dolgoztak vele többet. Lindy Goetz lett a menedzserük és munkájának eredményeként rengeteg élő fellépésük volt. Az RHCP sikereinek hatására Hillel Sherman helyére visszatért a bandához.
Az 1985-ös Freakey Styley producere George Clinton volt, akinek a saját stúdiójában zajlottak a munkálatok Detroitban. Ez volt az az album, amely először hozta ki igazán az RHCP punk/funk-os stílusát.
Nem sokkal később Martinezt a régi már jól bevált tag, Jack Irons váltotta fel. Újra együtt volt a régi csapat.
Harmadik albumuk, az Uplift Mofo Party Plan 1987-es eladása túlszárnyalta az előző kettőét. Producerük Michael Beinhorn volt, aki korábban Nona Hendrix-el éa Herbie Hancock-al dolgozott együtt. Az ezt követő turnén olyan hatalmas koncertek követték egymást, ahol a The Beastie Boys és a Faith No More volt az előzenekaruk.
1998-ban a srácok újabb album kiadását tervezték, előtte azonban csinálniuk kellett valamit Hillellel, akinek drogfüggősége az egész zenekar munkáját veszélybe sodorta: elhatározták, hogy megválnak Hillel-től. Mindezt azonban Angelo Moore (Fishbone) megakadályozta, meggyőzte a srácokat arról, hogy Hillel-nek abban az állapotban még inkább szüksége van barátaira és a zenekarra. Ezután mentek el arra az angliai borítófotózásra, amely a Beatles óta híres Abbey Road zebráján készült.

Az 1988-ban megjelent Abbey Road című albumukon már szerepel Jimi Hendrix: Fire című számának átdolgozása, amit már a Freaky Styley albumra is rá akartak tenni.
Négy héttel hazaérkezésük után Hillel meghalt kábítószer túladagolásban. Halála mélyen megrázta a Chili-t. Mindannyian eltűntek a világ szeme elől, magányukba húzódva próbálták meg feldolgozni az incidenst. Jack Irons a Red Hot Chili Peppers-t okolta barátja haláláért, ezért elhatározta, hogy soha többet nem fog részt venni a csapat munkájában. Úgy tűnt, hogy a zenekar pályafutásának vége.

Idővel Michael és Anthony úgy döntöttek, hogy barátjuk emlékére újból összeállnak. Ebben az időben Anthony és Michael elkísérték egyik legnagyobb rajongójukat, John Frusciante-t a Thelonius Monster nevű banda meghallgatására, akik gitárost kerestek (John túl félénk volt ehhez a feladathoz). Michael és Anthony végighallgatták a meghallgatást, és természetes volt, hogy John az RHCP tagja lett. Egy új dobos megtalálása azonban már nehezebb feladat volt.
Hirdetéseket tettek közzé, aminek eredményeképpen dobosok hada akarta próbára tenni tudását és szerencséjét. A reménytelennek tűnő nap utolsó meghallgatottjaként lépett fel Chad Smith, és meglett az új dobos. Ismét négytagú volt a zenekar. Az új csapat 1989 márciusában újra turnézni indult.
Következő albumukat Mother’s Milk címmel 1989-ben jelentették meg, amelynek szintén Beinhorn volt a producere. A Knock Me Down című számot Hillel emlékére írták. Az albumot követő turnén már szigorú drogellenes szabályokat léptettek életbe. Az amszterdami show után végérvényesen a média középpontjába kerültek. A Micsoda Nő című film Show Me Your Soul című betétdalával az angliai lista 30 helyére kerültek. Ezután nem sokkal igazoltak át a Warner Music-hoz.
Az ezt követő albumuk produceri feladatait Rick Rubin látta el, aki bérelt egy házat, ahol a banda dolgozhatott. A munka során kiderült, hogy kísértetek látogatták a háza, amit később egy profi kísértetvadász is igazolt. Szerencsére a látogatók barátságosak voltak, nem zavarták a munkát. BloodSexSugarMagik című albumuk kitörő sikert aratott, platinalemez lett, és egy évig rajta volt az amerikai Billboard listán.

Ezt követően turnéjaikon olyan bandák voltak az előzenekaraik, mint a Nirvana, a Pearl Jam vagy a Smashing Pumpkins. Az ázsiai turnéjuk alatt John elhatározta, hogy otthagyja a zenekart. Ezt újabb hirdetések követték, újabb próbálkozások egy új gitáros megtalálására ( csak az első nap 5000-ren jelentkeztek). Jesse Tobias bizonyult a legjobbnak, de ő sem volt az igazi, úgyhogy rövid idő után tőle is megváltak.

Ismét nehéz időszak következett. Michael-t krónikus fáradtság tüneteivel kezelték, ugyanebben az időszakban volt szemtanúja barátja, River Phoenix halálának. Immáron sokadszorra Dave Navarro-t kérte fel a Chili, hogy csatlakozzon hozzájuk..Dave olyan egyedi stílussal rendelkezik, amire A Red Hot Chili Peppers-nek nagyon szüksége volt. Ezután a banda Hawaii-ra ment feltöltődni, vitték magukkal a Harley Davidson motorjaikat is.
Sorban hetedik stúdióalbumuk munkálataihoz ismét Rick Rubin-t nyerték meg, így megszületett 1995-ben a One Hot Minute című albumuk, amely ismét a reflektorfénybe állította a bandát. Az ezt követő turné olyan helyszíneken zajlott, mint Finnország, Dánia, Belgium, Franciaország, Nagy-Britannia, Új Zéland és Ausztrália; összesen 64 koncertet adtak 21 országban.

1997-ben az MTV az Under The Bridge című számot a mindenkori legjobb videoklipek 500-as listáján 5. Helyre sorolta. 1998. április 3-án Dave kilépett a csapatból, helyére újra John Frusciante került.
1999-ben jelent meg A Californication, majd 2002-ben a By The Way nagylemez, utána pedig 2006-ban a Stadium Arcadium dupla CD.